• THINGS I DO

    やっていること

    SIDEKICKというシナプス接着分子

    日本語による解説

    Sidekick

     

    OMIMの解説

    Sidekick-1 

    Sidekick-2

     

    マウスの個体レベルでの操作やゲノム編集、オプトジェネティクスなど。マウスを使う実験は時間がかかります。以前は、ニワトリを利用していました。

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    CONNECTOMICS

    コネクトームとコネクトミクス(脳科学辞典)

    コネクトミクスとは、シナプスで接着したニューロンの作る神経回路を理解する技術。合成生物学に興味があります。

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    その他の活動

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    科学、技術、生命科学(特に、神経科学、再生医療)、科学一般、科学研究政策、研究費、科学教育、大学や研究所などの科学研究組織のあり方、生命倫理、人工知能など。スキャンダル防止のために事例を学ぶ。

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    科学研究や教育に関する私見。雑文。1ヶ月に1度程度の更新。

    研究関係の補足

    研究関係の補足事項(はてなブログ)。適宜更新。

    ResearchGate

    論文のダウンロードが可能

  • My work

    興味があること

    1999年に表紙を飾りました。その他、Priciniples of Neural Science (Kandelら)でも紹介されています。

    層特異的な神経回路の形成

    Lamina specific neuronal connections

    Yamagata M. (2017) Lamina-specific neuronal connections. In: Reference module in Neuroscience and Biobehavioral Psychology (Elsevier).

    http://dx.doi.org/10.1016/B978-0-12-809324-5.02636-5

     

    Yamagata M. (2009) Lamina-Specific Neuronal Connections. In: Encyclopedia of Neuroscience (Squire LR (ed.)) Oxford, England, Academic Press. Volume. 5, pp. 299-305.

     

    Sanes JR, Yamagata M. (2009) Annu Rev Cell Dev Biol. 25:161-195. Many paths to synaptic specificity.

     

    Sanes, J. R. and Yamagata, M. (1999). Curr. Op. Neurobiol. 9, 79-87.

    Formation of lamina-specific synaptic connections

     

    Yamagata, M., Weiner, J. A., Dulac, C., Roth, K. A., and Sanes, J. R. (2006). Mol Cell Neurosci. 33:296-310. Labeled lines in the retinotectal system: Markers for retinorecipient sublaminae and the retinal ganglion cell subsets that innervate them.

     

    Yamagata, M., Sanes, J. R. (2005) J. Neurosci. 25:8457– 8467. Versican in the developing brain: Lamina-specific expression in interneuronal subsets and role in presynaptic maturation.

     

    Yamagata, M. and Sanes, J. R. (1995). Development. 121, 3763-3776.

    Target-independent diversification and target specific projections of chemically coded retinal ganglion cell.

     

    Yamagata, M. and Sanes, J. R. (1995). Development 121: 189-200.

    Lamina-specific outgrowth and arborization of retinal axons in chick optic tectum.

     

    網膜神経節細胞が示す層特異的シナプス結合の発生機構(2002年)

    山形方人「実験医学」(実験医学2002年3月増刊号「脳・神経研究のフロンティア」)pp. 731-737 (20巻)

     

    目から脳への特異的神経投射:網膜視蓋系を組み立てる機構(1996年)

    山形方人、野田昌晴「細胞工学」pp. 143-152(15巻)

     

    シナプス接着分子と神経回路形成

    Synapse adhesion molecule

    Yamagata M. (2009) Synaptic adhesion molecule. In: Encyclopedia of Neuroscience (Binder MD, Hirokawa N, Windhorst U (eds.)) Springer-Verlag, Berlin, Germany. pp. 3945-3948. 

     

    Yamagata, M., Sanes, J. R., and Weiner, J. A. (2003). Curr. Op. Cell Biol. 15, 623-631.  Synaptic adhesion molecules.

     

    Goodman KM, Yamagata M, Jin X, Mannepalli S, Katsamba PS, Ahlsén G, Sergeeva AP, Honig B,Sanes JR, Shapiro L.(2016) Elife. 2016 Sep 19;5. pii: e19058. doi: 10.7554/eLife.19058.

    Molecular basis of sidekick-mediated cell-cell adhesion and specificity. 日本語による解説

     

    Krishnaswamy A*, Yamagata M*, Duan X, Hong YK, Sanes JR. (*equal contribution) (2015) Nature. 524:466-470.

    Sidekick 2 directs formation of a retinal circuit that detects differential motion.

     

    Yamagata M and Sanes JR (2012). J Neurosci. 32:14402-14414. Expanding the Ig superfamily code for laminar specificity in retina: expression and role of contactins.

     

    Yamagata M, Sanes JR. (2010) J. Neurosci.. 30:3579-3588. Synaptic localization and function of Sidekick recognition molecules require MAGI scaffolding proteins.

     

    Yamagata M, Sanes JR. (2008) Nature. 451:465-469. Dscam and Sidekick proteins direct lamina-specific synaptic connections in vertebrate retina.


    Yamagata, M., Weiner, J. A., Sanes, J. R. (2002). Cell 110: 649-660.

    Sidekicks: synaptic adhesion molecules that promote lamina-specific connectivity in the retina.

     

    Yamagata, M., Herman, J.-P., and Sanes, J. R. (1995). J. Neurosci. 15, 4556-4571.

    Lamina-specific expression of adhesion molecules in developing chick optic tectum.

     

    シナプス接着分子Sdk2は網膜において物体の動きを検出する神経回路の形成に機能する (2015年) 山形方人 ライフサイエンス 新着論文レビュー

     

    神経回路構築に関わるシナプス接着分子(2005年)

    山形方人「生化学」pp. 431-435 (77巻)

     

    層特異的シナプス結合を促進するシナプス接着分子Sidekick(2003年)

    山形方人「実験医学」pp. 61-63 (21巻)

     

    chickenbow

    コネクトミクス

    Connectomics

    Maximilian Joesch , David Mankus , Masahito Yamagata , Ali Shahbazi , Richard Schalek, Adi Suissa-Peleg, Markus Meister, Jeff W. Lichtman, Walter J. Scheirer, Joshua R. Sanes (2016) eLife, oi.org/10.7554/eLife.15015 Reconstruction of genetically identified neurons imaged by serial-section electron microscopy.

    ARRTEMIS 日本語による解説

     

    Martell JD, Yamagata M, Deerinck TJ, Phan S, Kwa CG, Ellisman MH, Sanes JR, Ting AY. (2016) Nature Biotechnol. 34: 774-780. A split horseradish peroxidase for the detection of intercellular protein-protein interactions and sensitive visualization of synapses.

    split HRP 日本語による解説

     

    Yamagata M and Sanes JR (2012) Transgenic strategy for identifying synaptic connections in mice by fluorescence complementation (GRASP). Front. Mol. Neurosci. 5:18. doi: 10.3389/fnmol.2012.00018

     

    脳科学辞典(日本神経科学学会)

    「コネクトーム」山形方人 (2016年)

    DOI:10.14931/bsd.7096

     

    その他

    Miscellaneous

    脳望遠鏡:Biology 5.0で脳に挑む(1)
    Biology 5.0 ・私のコネクトーム

    脳望遠鏡:Biology 5.0で脳に挑む(2)
    コネクトームと化学親和説・神経回路の相棒をつなぐSidekick・
    分野融合アプローチでわかった化学親和力を高める新しいメカニズム

    脳望遠鏡:Biology 5.0で脳に挑む(3)
    神経細胞同士のつながりを可視化する・神経科学研究イノベーションの鍵:生物多様性と合成生物学

    脳望遠鏡:Biology 5.0で脳に挑む(4)
    特定ニューロンをターゲットにした超微形態観察法・ロボティックスとITを使ったBiology5.0へ
     

    Rousso DL, Qiao M, Kagan RD, Yamagata M, Palmiter RD, Sanes JR.(2016) Cell Rep. 15:1930-1944. Two Pairs of ON and OFF Retinal Ganglion Cells Are Defined by Intersectional Patterns of Transcription Factor Expression.

     

    Poliak S, Norovich AL, Yamagata M, Sanes JR, Jessell TM.(2016) Cell 164:512-525.

    Muscle-type Identity of Proprioceptors Specified by Spatially Restricted Signals from Limb Mesenchyme.

     

    Kay JN, De la Huerta I, Kim IJ, Zhang Y, Yamagata M, Chu MW, Meister M, Sanes JR.(2011). J Neurosci. 31:7753-7762.Retinal ganglion cells with distinct directional preferences differ in molecular identity, structure, and central projections.

     

    Kim IJ, Zhang Y, Yamagata M, Meister M, Sanes JR. (2008) Nature.;452:478-482. Molecular identification of a retinal cell type that responds to upward motion.

     

    Yuasa, J., Hirano. S., Yamagata, M., and Noda, M. (1996). Nature 832, 632-635. Visual projection map specified by topographic expression of transcription factors in the retina.

     

    Yamagata, M., Jaye, D. L. and Sanes, J. R. (1994). Dev. Biol. 166: 355-359.

    Gene transfer to avian cells and tissues with a recombinant adenovirus.

     

    Yamagata, M. and Kimata, K. (1994). J. Cell Sci. 107: 2581-2590.

    Repression of malignant cell-substratum adhesive phenotype by inhibiting the production of anti-adhesive proteoglycan, PG-M/versican.

     

    Yamagata, M., Merlie, J.P., and Sanes, J.R. (1994). Gene 139: 223-228.

    Interspecific comparisons reveal conserved features of the Drosophila Toll protein.

     

    Yamagata, M., Saga, S., Kato, M., Bernfield, M., and Kimata, K. (1993). J. Cell Sci. 106: 55-65.

    Selective distributions of proteoglycans and their ligands in pericellular matrix of cultured fibroblasts --- Implications for their roles in cell-substratum adhesion.

     

    Yamagata, M., Shinomura, T. and Kimata, K. (1993). Anat. Embryol. 176: 433-444.

    Tissue variation of two large chondroitin sulfate proteoglycans (PG-M/versican and PG-H/aggrecan) in chick embryos.

     

    Yamagata, M., Yamada, K.M., Yamada, S., Shinomura, T., Tanaka, H., Nishida, Y., Obara, M., and Kimata, K. (1991). J. Cell Biol. 115: 209-221.

    The complete primary structure of type XII collagen shows a chimeric molecule with reiterated fibronectin type III motifs, von Willebrand factor A motifs, a domain homologous to a noncollagenous region of type IX collagen, and short collagenous domains with an Arg-Gly-Asp site.

     

    Fernandez, M. S., Dennis, J.E., Drushel, R.F., Carrino, D.A., Kimata, K., Yamagata, M., and Caplan, A.I. (1991). Dev. Biol. 147: 46-61. The dynamics of compartmentalization of embryonic muscle by extracellular matrix molecules.

     

    Shinomura, T., Jensen, K.L., Yamagata, M., Kimata, K., and Solursh, M. (1990). Anat. Embryol. 181: 227-233. The distribution of mesenchyme proteoglycan (PG-M) during wing bud outgrowth.

     

    Yamagata, M., Suzuki, S., Akiyama, S.K., Yamada, K.M., and Kimata, K. (1989). J. Biol. Chem. 264: 8012-8018. Regulation of cell-substrate adhesion by proteoglycans immobilized on extracellular substrates.

     

    Nishida , Y., Hata, M., Ayaki, T., Ryo, H., Yamagata, M., Shimizu, K., and Nishizuka, Y. (1988). EMBO J. 7: 775-781.

    Proliferation of both somatic and germ cells is affected in the Drosophila mutants of raf proto-oncogene.

     

    Yoneda, M., Yamagata, M., Suzuki, S., and Kimata, K. (1988). J. Cell Sci. 90: 265-273.

    Hyaluronic acid modulates proliferation of mouse dermal fibroblasts in culture.

     

    Yoneda, M., Shimizu, S., Nishi, Y., Yamagata, M., Suzuki, S., and Kimata, K. (1988). J. Cell Sci. 90: 275-286.

    Hyaluronic acid-dependent change in the extracellular matrix of mouse dermal fibroblasts that is conductive to cell proliferation.

     

    Yamagata, M., Kimata, K., Oike, Y., Tani, K., Maeda, N., Yoshida, K., Shimomura, Y., Yoneda, M., and Suzuki, S. (1987) J. Biol. Chem. 262: 4126-4152.

    A monoclonal antibody that specifically recognizes a glucuronic acid 2-sulfate-containing determinant in intact chondroitin sulfate chain.

     

    Kimata, K., Oike, Y., Tani, K., Shinomura, T., Yamagata, M., Uritani, M., and Suzuki, S. (1986) J. Biol. Chem. 261: 13517-13525.

    A large chondroitin sulfate proteoglycan (PG-M) synthesized before chondrogenesis of the limb bud of chick embryo.

     

    Yamagata, M., Yamada, K.M., Yoneda, M., Suzuki, S., and Kimata, K. (1986). J. Biol. Chem. 261: 13526-13535. Chondroitin sulfate proteoglycan (PG-M-like proteoglycan) is involved in the binding of hyaluronic acid to cellular fibronectin.

     

     

    日経バイオテク連載「脳科学の未来」:2014年に書いた脳科学についての論考。

     

    新春展望2014、脳科学の未来とビジネスチャンス:米国の脳研究プロジェクト

    https://bio.nikkeibp.co.jp/article/news/20131224/173054/

     

    新春展望 2015年 「真価が問われるビッグな脳科学プロジェクト」

    https://bio.nikkeibp.co.jp/article/news/20141227/181436/

     

    2014年度ノーベル賞と脳科学の未来<前編:生理学・医学賞、脳内GPS機能を担う神経細胞の発見>

    https://bio.nikkeibp.co.jp/article/news/20141016/179589/

     

    2014年度ノーベル賞と脳科学の未来<後編:化学賞と全世界の脳科学研究をめぐる動き>

    https://bio.nikkeibp.co.jp/article/news/20141016/179596/

     

    リバースト遺伝学によるプロテオグリカン機能の解明(1992年)

    山形方人「糖鎖工学」pp. 342-347 分担(小川智也、木幡陽、渋谷直人、鈴木旺、永井克孝編、産業調査会バイオテクノロジー情報センター)

     

    細胞外物質に対するレセプター(1989年)

    山形方人、木全弘治 「細胞間コミュニティーの形成」分担 pp.137-152(竹市雅俊、藤澤肇編集、日本分子生物学会、丸善出版)

     

     

     

     

     

    研究者情報

    名前:山形方人

    科研費研究者番号 00202375

    研究者リゾルバ番号 1000000202375

    ORCID 0000-0001-8193-2931

    J-Global:特許情報や日本語の文献など。

     

    NeuroTree 私の系譜

     

    Harvard:連絡先など。

    http://www.people.fas.harvard.edu/~yamagata/

    http://scholar.harvard.edu/masahitoyamagata

  • FUN

    関心のあること

    米国ボストンにある私立大学

    名前は有名だけど、日本ではその実態があまり知られていない

    生き物の科学

    生きているものの仕組み

    細菌、ウイルス、植物、動物、医学、薬学。

    特に、脳の科学。

    中世、ルネサンス、バロック、クラシック音楽

    中世スペインの音楽、デュファイ、ジョスカン、トマス・ルイス・デ・ヴィクトリア、バッハ、ハイドン、モーツァルト、、マーラー、、ペルトなど。

    その他

    科学全般、歴史、宗教、哲学、経営学など。